Vermutlich liegts am Chipsatz des Boards und die mangelnde Treiberunterstützung für SATA/eSATA/AHCI.
Ich hab hier drei Boards mit Intel-CPU und Intelchipsatz, da gibts Null Probleme mit eSATA und HotPlug.
Zwei PC\'s wurden nachträglich auf AHCI umgeswitch, einer damit Neu installiert.
Zwei e-SATA Gehäuse, sowie ein eSATA Festplattenadapter laufen da dran klaglos.

Allerdings hab ich festgestellt daß eSATA Kabel auch eine Ursache fürs nicht funktionieren sind!
Letztens hab ich ne 3,5\" Platte mit eSATA-Adapter angeschlossen und mich gewundert warum sich nichts tat.
Bischen am Kabel gewackelt und da konnte ich feststellen das sich manchmal was rührte.
Also Kabel gegen ein anderes getauscht und das Ding lief sofort wies sein sollte.