Ich arbeite zwar nicht damit, könnte mir aber vorstellen, dass benders Vorschlag genau die richtige Lösung für dein Problem wäre.
Alternativ könntest du, wenn die Monitore passend angeordnet und groß sind, auch die eine Anwendung links mit Toolbox rechts und die andere Anwendung rechts mit Toolbox links positionieren. So würde das Vollbildprogramm im Vordergrund die dahinterliegende Toolbox des anderen Programms verbergen.
Ich gestehe aber, dass ich selbst nicht so arbeiten könnte; auch ich habe meine festen Bereiche auf den beiden Monitoren und weiche ungern davon ab. Das wird mir sonst auch zu "unruhig".
Vielleicht dient's als Denkanstoß
Grüße!