Clonezilla kenne ich nicht. Mein Favorit für solche Sachen ist Acronis True Image. Diese Programm bietet eine direkte Umzugsfunktion für Festplatten. Das müsste man mit der 30 Tage Trialversion probieren können.
Die dir unbekannte Partition könnte die Systemwiederherstellung des Notebooks sein. In solchen liegt meist das vorinstallierte Windows, welches früher auf Datenträger beilag bzw. jenes, was nach dem allerersten Starten und nach persönlichen Einstellungen erstellt wurde. Es ist meist auch diese Partition, auf welche beim Booten und Starten der Reparaturfunktion zugegriffen wird. Diese werden meist in der Datenträgerverwaltung mit angezeigt, ohne jedoch richtigen Zugriff drauf zu haben.

michl